El departamento de investigación en cultivos hortícolas estaba dedicado a la fitotecnia de los cultivos como melón, pimiento, judía pinesa, berenjena de Almagro, etc., con especial énfasis en la influencia del riego y elementos fertilizantes en el rendimiento y calidad de la producción.

Así mismo se dedicaba a ampliar y conservar un banco de semillas de melón autóctono, donde se caracteriza cada una de las entradas de los distintos tipos de melón. A partir del 2025 se transfiere este banco de germoplasma al Centro de Investigación Apícola y Agroambiental de Marchamalo.